Không giống như những trò chơi câu cá thông thường, Big Bass Mission Fishin đặt người chơi vào vai một người ngư dân đang thực hiện nhiệm vụ đặc biệt: tìm kiếm loài cá lóc khổng lồ bí ẩn sống trong vùng nước sâu. Câu chuyện mở đầu bằng hình ảnh một làng chài đang chịu sự khan hiếm cá do “bóng ma” dưới biển chiếm cứ. Người chơi không chỉ đơn thuần là câu cá để giải trí mà còn mang trong mình sứ mệnh cứu lấy làng chài – khởi nguồn cho cái tên “Missio